انتخابات دور سوم رياست جمهوري به دنبال شهادت محمد علي رجايي رئيس جمهور وقت در تاريخ دهم مهر ۶۰ برگزار شد و در آن انتخابات حضرت آيت الله خامنه اي با علي اكبر پرورش، حسن غفوري فرد و سيد رضا زواره اي به رقابت پرداختند و موفق شدند با حدود ۱۶ ميليون رأي يعني ۴۱و۹۴ درصد از كل آراء به عنوان رئيس جمهور منتخب ملت ايران شناخته شوند. اين ۴۱و۹۴ درصد رأي تا به حال بيشترين ميزان رأي در خلال انتخابات هاي رياست جمهوري متعدد ايران بوده است.
حكم تنفيذ رياست جمهوري آيت الله سيد علي خامنه اي در تاريخ ۱۷ مهر ۱۳۶۰ مصادف با عيد سعيد قربان با حضور امام خميني (ره) و جمع زيادي از مسئولين عالي رتبه داده شد.در اين مراسم امام خميني (ره) در پيامشان ضمن اشاره به شهادت محمد علي رجايي به انتخاب شايسته آيت الله خامنه اي اشاره كرده و مي فرمايند:
«خداوند بر ما منت نهاد كه افكار عمومي را براي انتخاب رئيس جمهور متعهد و مبارز، در خط مستقيم اسلام و عالم به دين و سياست هدايت فرمود كه اميد است با حسن تدبير و كمك قواي سه گانه و پشتيباني ملت بزرگ، مشكلات يكي پس از ديگري رفع و احكام مقدس اسلام به طور دلخواه در سطح كشور اجرا گردد.»
دور دوم رياست جمهوري حضرت آيت الله خامنه اي
پس از پايان موفقيت آميز دوره اول رياست جمهوري حضرت آيت الله خامنه اي مردم ايران اسلامي در چهارمين دوره انتخابات رياست جمهوري در ۲۵ مرداد ماه ۱۳۶۴ بار ديگر ايشان را به عنوان رئيس جمهور منتخب خود برگزيدند. در اين انتخابات كه با مشاركت ۵۵ درصدي مردم همراه بود آيت الله خامنه اي با سيد محمود مصطفوي كاشاني و حبيب الله عسگراولادي به رقابت پرداختند و با كسب حدود ۸۶ درصد از آراء موفق به كسب اكثريت آراء شدند.
به دنبال برگزاري اين انتخابات امام خميني (ره) در ۱۳ شهريور ماه ۱۳۶۴ مصادف با عيد سعيد غديرخم حكم رياست جمهوري آيت الله خامنه اي را تنفيذ نمودند. ايشان در اين حكم با اشاره به آشنايي به مقام تعهد و خدمتگذاري آيت الله خامنه اي چنين مي فرمايند كه:
«ملت متعهد، با عزمي والا و قدمي ثابت، .... فردي شريف از سلاله پيامبران را براي خدمت به اسلام و ايران و مسلمانان برگزيد و اين مسئوليت سنگين را بر عهده كسي گذاشت كه چهار سال در اين مقام، صادقانه و با تعهد و روشن بيني به ملت و اسلام و ايران خدمت نمود و اين، پس از خدماتي بود كه قبل و بعد از انقلاب انجام داده بود.
«جزاه الله خيرا »
تنفيذ حكم رياست جمهوري
حجة الاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني توسط حضرت آيت الله خامنه اي
چهاردهم خرداد ،۱۳۶۸ امام خميني (ره) بنيانگذار انقلاب اسلامي به ملكوت اعلي پيوست و امتي را به سوگ خود نشاند. بسياري از تحليل گران سياسي، رحلت امام خميني (ره) را به منزله خزان انقلاب مي پنداشتند اما مجلس خبرگان در همان روز در جلسه اي فوق العاده، حضرت آيت الله خامنه اي را به عنوان رهبر انقلاب اسلامي برگزيد.
پس از رحلت امام (ره) انتخابات رياست جمهوري دوره پنجم در ششم مرداد ماه همان سال برگزار شده و در آن انتخابات دو نامزد مطرح يعني حجه الاسلام علي اكبر هاشمي رفسنجاني و عباس شيباني براي انتخابات رياست جمهوري پا به ميدان گذاشتند. كه در آن انتخابات حجِة الاسلام و المسلمين علي اكبر هاشمي رفسنجاني با كسب ۹۱و۶۲ درصد از آراء موفق به كسب اكثريت آراء شد.
حضرت آيت الله سيد علي خامنه اي رهبر معظم انقلاب در حكم تنفيذ اولين دوره رياست جمهوري حجه الاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني در تاريخ ۱۲ مرداد ۶۸ فرمودند:
« خدا را شكر كه اراده و رأي ملت عزيز، بار سنگين امانت و مسئوليت الهي را بر دوش تواناي مردي بزرگ از فرزندان اسلام و حواريين امام عظيم الشان، عالمي مجاهد و فقيهي اسلام شناس و سياستمداري هوشمند و مديري درد آشنا و دلسوز قرار داد.»
معظم له همچنين در سخنراني مراسم تنفيذ حكم حجة الاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني ضمن تاكيد بر اين نكته كه«فقدان امام (ره) پايان يافتن راه نيست »به ترسيم سياست هاي آينده دولت پرداختند و فرمودند:
«علاج مشكلات ما در اين است كه سازندگي كشور را در كنار تأمين روحيه ي انقلابي در مردم و حفظ همان صلابت و چهره ي باعظمت و هيبت انقلاب ببينيم. اگر به رفاه عمومي نينديشيم و به سازندگي كشور فكر نكنيم، مطمئناً نظام جمهوري اسلامي نخواهد توانست الگو و تجربه ي مطلوب را به دنيا ارايه بدهد.
اگر در مسايل رفاه زندگي عمومي و ايجاد تسهيلات و رفع مشكلات غرق شويم، به طوري كه جهت گيريهاي انقلابي را به دست غفلت بسپريم، به ابهت و هيبت انقلاب ضربه زده ايم و جاذبه ي آن را در دنيا مخدوش كرده ايم و اين، مطمئناً به كارايي ما ضربه خواهد زد. بنابراين، اين دو در كنار هم مطرحند.
البته، در مسايل داخلي و سازندگي، رفاه و رفع مشكلات و ايجاد سازندگي، تنها هدف نيست. در مسايل داخلي هم، تأمين عدالت اجتماعي و امنيت عمومي و رعايت طبقات ضعيف و محروم، يك ركن اصلي است؛ همچنان كه در سطح حركت عمومي كشور، اخلاق و روحيات اسلامي و برادري و گذشت ايثار و بقيه ي خلقيات حسنه ي اسلامي هم، بايد مورد توجه قرار بگيرد.»
تنفيذ حكم دومين دوره رياست جمهوري حجة الاسلام هاشمي رفسنجاني
انتخابات ششمين دوره رياست جمهوري نيز در ۲۱ خرداد ماه ۱۳۷۲ برگزار شد. در آن انتخابات كه حجه الاسلام هاشمي رفسنجاني به همراه آقايان احمد توكلي، عبدالله جعفر علي جاسبي و رجبعلي طاهري به رقابت پرداختند، حجةالاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني موفق شد با كسب ۶۹‎/۱۰ درصد از كل آراء بار ديگر به عنوان رئيس جمهور منتخب ملت شناخته شود. مراسم تنفيذ حكم رياست جمهوري ايشان در تاريخ دوازدهم مرداد ۱۳۷۲ برگزار شد. در حكم تنفيذ آمده بود« اينجانب ضمن تبريك به ملت عزيزمان براي اين حسن انتخاب و با معرفت به مقام و مرتبت والاي شخصيت برجسته و چهره ي منور در نظام جمهوري اسلامي و ركن ركين انقلاب و بازوي توانا و زبان گوياي آن جناب آقاي هاشمي رفسنجاني (دام علاه) رأي ملت را تنفيذ و ايشان را به رياست جمهوري اسلامي ايران منصوب مي كنم. »
معظم له همچنين در سخناني در تشريح برنامه هاي آني كشور در روز تنفيذ حكم رياست جمهوري فرمودند:
« اسلام يك روشي دارد، ممشايي دارد، مسلكي دارد در مسايل اقتصادي جامعه ي اسلامي آن سلك طي مي كند، اين سياست كلي اقتصادي كشور است اساس عبارت است از رفاه عمومي، عدالت اجتماعي. البته ممكن است يك نفري با تلاش و استعداد بيشتر، بهره بيشتري براي خودش فراهم بكند، مانعي ندارد؛ اما فقر بايد نباشد در جامعه هدف برنامه ريزان بايد اين باشد. برنامه و بودجه سازمان برنامه و برنامه ريزان كشور با اين سياست كلي و با اين اساس بايد برنامه ريزي كنند.
در زمينه هاي فرهنگي هم من عرض كنم اين ديگر مخصوص ما نيست، همه ملتهاي زنده ي دنيا بر اين متفقند كه اگر ملتي اجازه داد كه فرهنگي ملي اش پايمال تهاجم فرهنگهاي بيگانه بشود، آن ملت از دست رفته است، پدر درآمده است. ملت غالب آن ملتي است كه فرهنگش غالب است. غلبه ي فرهنگي است كه مي تواند غلبه ي اقتصادي و سياسي و امنيتي و نظامي و همه چيز را هم با خود به دنبال بياورد.
مي بينيد كشورهاي مقتدر دنيا تلاش مي كنند براي اين كه زبان خودشان را رايج كنند در دنيا چون زبان، بزرگترين رقم يك ملت و خود كانال عمده ي انتقال فرهنگ يك ملت است لباسشان را آدابشان را دين شان را، عقايدشان را باورهاي اجتماعي شان را منتقل كنند. امروز قدرتهاي جهاني حتي با زور نظامي مي خواهند فرهنگ خودشان را منعكس و منتقل كنند. امريكايي ها را ببينيد، يك سبكي از دولت و حكومت و نظام اجتماعي و اقتصادي را آنها قايلند، لشكركشي مي كنند اين  جا و آن جاي دنيا كه اين جا حكومت نمي كند، خب به شما چه؟ يعني اين طغيان نفوذ نامشروع فرهنگ بيگانه به اين جاها هم مي رسد البته تحت نامهاي موجه مثل حقوق بشر. كسي نيست به امريكايي ها بگويد كه كجاي دنيا با سياهان آن جور عمل مي كنند كه شما مي كنيد؟ كجاي دنيا چند صد نفر آدم را توي يك ساختماني زنده زنده مرد و زن و كودك را مي سوزانند و در آتش مي زنند. هر جا اين جوري بود آن وقت آن جا اعتراض كنيد كه حقوق بشر نقض شده است. در امريكا اين كارها شد ما در جاي ديگر سراغ نداريم اين جور كارها را. صهيونيستها كه خشن ترين مردم دنيا هستند با حمايت امريكايي ها دارند حركت مي كنند. »
تنفيذ حكم رياست جمهوري دوره اول حجه الاسلام والمسلمين سيد محمد خاتمي
پس از پايان دو دوره ي رياست جمهوري حجه الاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني، هفتمين دوره ي انتخابات رياست جمهوري در دوم خرداد سال ۱۳۷۶ برگزار شد و طي آن حجج الاسلام آقايان سيد محمد خاتمي، علي اكبر ناطق نوري و محمد محمدي نيك (ري شهري) به همراه آقاي سيد رضا زواره اي به رقابت پرداختند.
در آن انتخابات كه حدود ۸۰ درصد واجدين شرايط پاي صندوق هاي رأي حاضر شدند، حجه الاسلام سيد محمد خاتمي با كسب ۱و۶۹ درصد از مجموع آراء به عنوان رئيس جمهور منتخب ملت شناخته شد.مراسم تنفيذ حكم رياست جمهوري حجه الاسلام سيد محمد خاتمي نيز در تاريخ دوازدهم مرداد ماه ۱۳۷۶ برگزار شد.
مقام معظم رهبري در حكم تنفيذ ايشان چنين مي فرمايند كه:
« اكنون بار ديگر مسئوليت بزرگ رياست جمهوري با اكثريتي قاطع بر دوش مردي روحاني و كارآزموده و انقلابي و اهل دانش و معرفت قرار يافته و يكي از تربيت شدگان حوزه معرفت ديني قدرت اجرايي را در كشور به دست گرفته است كه به بركت ايمان و دين باوري عميق مردمش، پرچمدار نظام ديني و مفتخر به اجراي احكام اسلامي است.»
تنفيذ حكم دومين دوره رياست جمهوري حجه الاسلام والمسلمين خاتمي
پس از پايان يافتن چهارسال اولين فعاليت دولت حجه الاسلام سيد محمد خاتمي، انتخابات هشتمين دوره رياست جمهوري در تاريخ ۱۸ خرداد سال ۱۳۸۰ برگزار شد. در اين انتخابات كه ده كانديدا در آن به رقابت پرداختند، حجه الاسلام سيد محمد خاتمي توانست براي بار دوم با كسب ۱۲و۷۷ درصد از مجموع آراء به عنوان رئيس جمهور منتخب ملت ايران شناخته شود. اصلي ترين رقيب حجه الاسلام خاتمي در اين دوره دكتر احمد توكلي به شمار مي آمد.
مراسم تنفيذ حكم دومين دوره ي رياست جمهوري ايشان در هشتم مرداد ماه ۱۳۸۰ برگزار شد و رهبر معظم انقلاب در حكم ايشان چنين فرمودند كه:
«اينجانب با سپاس خداوند متعال و عرض تبريك به ملت عزيز و بامعرفت به مراتب شايستگي انديشمند فرزانه جناب حجه الاسلام آقاي حاج سيد محمد خاتمي دامت معاليه، رأي ملت را تنفيذ و ايشان را به رياست جمهوري اسلامي ايران منصوب مي كنم.»
ايشان در بياناتي پس از مراسم تنفيذ حكم رياست جمهوري حجه الاسلام خاتمي در تاريخ يازدهم مرداد ۱۳۸۰ فرمودند:
رئيس جمهور و يكايك اعضاي تصميم گير در اين نظام، مسئولند. اعتبار آنها عبارت از اين است كه به وظيفه ي خود در مقابل خدا، مردم و قانون اساسي عمل كنند. در نظام اسلامي، اعتبار همه ي مسئولان به اين است كه خود را كمر بسته ي دين خدا و مجري قوانين و متعهد به قانون اساسي بدانند؛ مردم اين را مي خواهند و انتخاب كرده اند. اگر كسي قدم را كج بگذارد و از اين راه منحرف شود چه خود رهبري باشد، چه رئيس جمهور باشد، چه ديگر مسئولان قبل از آن كه ساز و كار اجرايي براي كنارگذاشتن آنها به كار بيفتند؛ چون فاقد شرط مي شوند، خودشان منعزل و كنار رفته اند. بنابراين مسئوليت سنگين است.
اگر ما بخواهيم سعادت اين مردم را تأمين كنيم، بايد در اجراي احكام الهي كوشا باشيم. سعادت دنيا و آخرت مردم در اجراي احكام الهي و اسلامي است؛ اين آن چيزي است كه مي تواند اين كشور و اين ملت را به آرمانهاي والا و برجسته ي خود برساند؛ اين آن چيزي است كه مي تواند اين كشور را در مقابل مطامع روزافزون قدرتهاي بزرگ مصونيت ببخشد؛ اين آن چيزي است كه مي تواند اين ملت را با همان ايمان و شوري كه در پيروزي انقلاب و در دوران جنگ تحميلي و در همه ي طوفانها نشان دادند، در صحنه نگه دارد. آن عاملي كه مي تواند ملت ايران را با فقدان بسياري از تجهيزاتي كه قدرتهاي بزرگ از آن برخوردارند اين طور محكم و باثبات نگذارد، ايمان ديني است. بايد ايمان ديني را در مردم حفظ كرد تا اين مردم بتوانند مقاومت خود را حفظ كنند و بايستند و از مسئولان پشتيباني كنند در مقابل خطرها سينه سپر نمايند. ما مسئولان، بدون حمايت مردم چيزي نيستيم و نمي توانيم كاري بكنيم. ارزش و اقتدار و توانايي ما در صحنه ي بين المللي و در مقابل طوفانها، به پشتيباني مردم است و اين نظام بحمدالله امروز مردمي ترين نظام دنياست. نسبت و ارتباط بين مسئولان و اين مردم، ارتباط ايمان، عاطفه و اعتماد است؛ اين ارتباط و اين گونه رابطه و پيوند، در دنيا نظير ندارد. اگر بخواهيم اين مردم از دولتها و مسئولاني كه مي آيند و مي روند و از نظامي كه به وسيله ي خود اين مردم سركار آمده است، حمايت كنند، بايد ايمان مردم را حفظ كنيم و جلوي تهاجم به ايمان مردم را بگيريم.
نهمين تنفيذ
نهمين دوره انتخابات رياست جمهوري نيز در دو مرحله در ۲۷ خرداد ماه و سوم تير ماه ۱۳۸۴ برگزار شد.
در اين دو دوره كه مجموعاً حدود ۶۰ ميليون نفر در طول يك هفته در انتخابات شركت كردند، نهايتاً دكتر محمود احمدي نژاد با كسب حدود ۶۰ درصد از آراء مردم به عنوان رئيس جمهور منتخب ملت ايران شناخته شد.
حكم رياست  جمهوري دكتر محمود احمدي نژاد، صبح روز چهارشنبه دوازدهم مردادماه ۱۳۸۴ در حسينيه امام خميني (ره) از سوي مقام معظم رهبري تنفيذ شد. درحكم تنفيذ آمده بود:
انتخابات نهم جلوه اي از اعتصام ملت ايران به حبل الله بود.
اكنون به بركت الطاف كريمانه ي حضرت حق _ جلت الائه _ و دعاي مستجاب حضرت ولي الله الاعظم روحي فداه، همت مردم عزيز، دور تازه اي از مديريت را در كشور ما رقم زده و ميدان را براي تلاشي نو و مديراني تازه نفس، گشوده است.
ملت ما با اكثريتي قاطع، شخصيتي انقلابي و دانشمند و مديري شايسته و كارآزموده و داراي سوابق مجاهدت صادقانه در صحنه هاي گوناگون را، به رياست جمهوري برگزيده است. سخن صريح و قاطع و صادقانه ي ايشان در تعهد به خدمتگزاري و رفع محروميت و مبارزه با فساد، و لحن افتخارآميز ايشان در پايبندي به اسلام و آرمان هاي انقلاب، كه با منش مردمي و ساده زيستي همراه بود، دلها و آراء مردم را متوجه ايشان كرد و مسئوليت مهم رياست جمهوري را بر دوش ايشان نهاد.
اينجانب ضمن تبريك به ملت شريف و آزاده، راي آنان را تنفيذ و جناب آقاي دكتر محمود احمدي نژاد را به رياست جمهوري اسلامي ايران منصوب مي كنم. بديهي است كه راي ملت و تنفيذ اينجانب تا هنگامي است كه ايشان به تعهد خود و صراط مستقيمي كه تاكنون در آن حركت كرده اند يعني راه اسلام و آرمان هاي نظام اسلامي و دفاع از حقوق ملت و ايستادگي در برابر مستكبران و زورگويان پايبند باشند كه به توفيق الهي همواره چنين خواهد بود انشاء الله.
با تشكر از موسسه پژوهشي و فرهنگي انقلاب اسلامي «دفتر حفظ ونشر آثار مقام معطم رهبري »

فائزه صداقت گويان
امروز مصادف با ولادت امام محمد باقر(ع) پنجمين پيشواي شيعيان جهان است.اين امام همام در سال ۵۷ هجري قمري در مدينه تولد يافت.پدر بزرگوار آن حضرت علي بن الحسين، زين العابدين(ع) است.مادر گراميشان فاطمه ام عبدالله دختر امام حسن مجتبي(ع) است .
بنابراين امام محمد باقر(ع) از طرف پدر نوه امام حسين(ع) و از طرف مادر نوه امام حسن مجتبي(ع) است.لذا آن حضرت را ابن علويين و ابن خيرتين نيز مي گويند.امام محمد باقر(ع) در نسل علويان نخستين مولودي است كه هم از طرف پدر وهم از طرف مادر فاطمي و علوي بود.مشهورترين لقب آن حضرت، باقر يا باقر العلوم است.بدين علت كه درياي دانش را شكافت و اسرار علوم را آشكار ساخت.
باقر لقبي است كه رسول گرامي اسلام ازآن خبر داده است .بدين صورت كه رسول خدا(ص) به جابر بن عبدالله انصاري فرمود: جابر تو زنده مي ماني و فرزندم محمد بن علي الحسين(ع)را كه نامش در تورات باقر است مي بيني.آنگاه كه او را ديدي سلام مرا به او برسان.
جابر سالها بعد امام محمد باقر(ع) را ملاقات كرد. جابر در اين هنگام او را در آغوش كشيد و گفت اي محمد، رسول خدا به تو سلام رساند.
همچنين پيامبر فرمود: از علي بن الحسين فرزندي به دنيا مي آيد كه هم نام من است و در خلقت و شمايل شبيه من است او علم را مي شكافد چنان كه زارع زمين را.
براي حضرت القاب ديگر مانند: صابر، هادي، شاكر و ... ذكر شده كه هر يك بازگو كننده صفتي از صفات آن بزرگوار است.دوران زندگي امام محمد باقر(ع) پر فراز و نشيب است.
آن حضرت در سن چهار سالگي همراه با كاروان حسيني رهسپار كربلا شد وبا كاروان اسرا آنچه بر اسيران گذشت شاهد بود.پس از وفات امام سجاد(ع) در سال ۹۵ هجري قمري آن حضرت نزديك به بيست سال امامت امت اسلامي  را بر عهده گرفت.
در اين زمان انحرافات سياسي، فكري و عقيدتي سخت دامنگير امت اسلامي شده بود.انحرافاتي كه بيشتر به دليل قطع ارتباط آنها با امامان رخ داده بود.طبيعي است كه در يك حكومت استبدادي نه امام و نه پيروان توانايي تماس مداوم با يكديگر را نداشتند.
در چنين شرايطي انحراف امري قابل پيش بيني است.يكي از جريانات مهم انحرافي دروني شيعه، حركتي است كه تحت عنوان غلات به وجود آمد.
اينان درباره حضرت علي(ع) و امامان ديگر غلو مي كردند و آن بزرگواران را تا حد الوهيت بالا مي بردند.
امام(ع) آشكارا با آنها مخالفت كرده و با بيان معارف صحيح، حد و مرز عقايد ديني را آشكار ساخت.
از جمله گروههاي خطرناكي كه آن روزها در جامعه اسلامي رسوخ كرده بودند و تاثير عميقي بر فرهنگ جامعه اسلامي گذاشتند، يهوديان بودند.
احبار يهود كه عده اي از آنها به ظاهر اسلام آورده و عده اي هنوز به دين خود باقي بودند در بين مردم، مرجعيت علمي قشري از ساده لوحان را عهده دار شدند.
احاديث جعلي زيادي توسط اين دسته از يهوديان منتشر گرديد كه در منابع روايي مسلمانان به «اسرائيليات» معروف است.اين احاديث بيشتر در رابطه با تفسير قرآن و زندگي پيامبران جعل شده است.
از اين رو مبارزه با يهود و القائات سوء آنها در فرهنگ اسلام، بخش مهمي از برنامه امامان معصوم به ويژه امام محمد باقر و امام صادق «عليهما اسلام» را به خود اختصاص داد.
پيدايش و رشد مذاهب كلامي مانند قدريه، معتزله، جبريه، مرجئه، مفوضه و...، آشنايي گسترده مسلمانان با آراي ديگر اديان، ظهور اختلافات فقهي و همچنين گسترش جغرافيايي جهان اسلام از ديگر حوادثي است كه در زمان امامت امام محمد باقر(ع) رخ داد.
دوران امامت امام محمد باقر(ع) با خلافت پنج خليفه زير همزمان بود: وليد بن عبدالملك، سليمان بن عبدالملك، عمر بن عبد العزيز، يزيد بن عبد الملك، هشام بن عبد الملك . همه آنان جز عمربن عبدالعزيز در ستمگري و استبداد و خودكامگي دست كمي از نياكان خود نداشتند و پيوسته براي امام باقر(ع) مشكلاتي فراهم مي كردند.
در چنين شرايطي اما محمد باقر(ع) زمينه پيدايش جنبش فكري و علمي را در جامعه اسلامي فراهم ساخت.
بعضي تغييرات در وضعيت اجتماعي مانند نقض برخي بدعتها چون ممنوعيت حديث در دوره خلافت عمر بن عبدالعزيز، كم شدن آشوب هاي سياسي و همچنين بازگشت عالمان و بزرگان به مباحث علمي اين فرصت را به امام داد تا با استفاده از وضع موجود زمينه ساز تحول عظيم علمي در جهان اسلام باشند.
امام باقر(ع) در كنار فعاليتهاي علمي به هدايت جامعه و مبارزه با طاغوتيان نيز پرداخت .
نگاهي كوتاه به زندگي امام نشان مي دهد كه گرچه ايشان در آن برهه، بيان معارف واقعي اسلام را وجهه همت خويش قرار داده بودند، در عين حال در هر فرصتي، چهره زشت حاكمان ستمگر بني اميه را افشا و شيعيان را به مبارزه با ستمگران تشويق مي نمودند.
در روايتي از امام(ع) چنين نقل شده است: عليه ظالمان و مفسدان با دل و جان بستيزيد.
ايشان شيعيان خود را از پذيرفتن كوچكترين مناصب در دولتهاي ظالم نهي مي كردند.
ايشان در بياني به محمد بن مسلم فرمودند: اي محمد! سردمداران جور و ستم و پيروانشان از دين خدا منحرف شده اند و خود به گمراهي افتاده و ديگران را نيز به ضلالت مي كشانند.
كارهايي كه انجام مي دهند مانند خاكستري است كه در روز طوفاني، باد شديدي بر آن وزيده باشد و از آنچه انجام داده اند چيزي دستگيرشان نمي شود و اين جز گمراهي دور كننده چيز ديگري نيست.
از طرف ديگر ايشان دريافته بودند كه فرهنگ تشيع در معرض انحراف قرار دارد، از اين رو لازم بود تا آن حضرت به يك انقلاب وسيع فرهنگي اقدام كنند و با تشكيل حوزه علميه و تربيت شاگردان برجسته خط تشيع را آشكار كنند.زيرا در اين صورت بود كه زمينه براي مبارزه با طاغوتيان فراهم مي شد.
امام باقر(ع) به عنوان رهبر جنبش علمي اسلام، دانشگاه اسلامي باقر العلوم را تاسيس كردند.
آغاز قرن دوم هجري كه مصادف با شروع بكار دانشگاه باقرالعلوم(ع) بود شالوده معارف اسلام چيده شد.
تحصيل قريب به هزار نفر از دانشمندان طراز اول جهان اسلام و تاليف بيش از شش هزار كتاب توسط فارغ التحصيلان دانشگاه امام باقر(ع) از خدمات اين دانشگاه مي باشد.
علومي كه امام در اين دانشگاه در اختيار ديگران قرار داد عبارت بودند از: فقه، حديث، فلسفه، تفسير، لغت، كلام، اخبار مبداء و معاد، اخبار انبياء، مناسك حج و ديگر علوم اسلامي.
يكي ديگر از فعاليتهاي علمي امام مناظراتي است كه امام با سران اديان مختلف و گاهي با طاغوتيان عصرش داشت ،محور بحثها و مناظرات امام را مسائلي چون توحيد، علم الهي، صفات پروردگار، مسائل اخلاقي، آفرينش، تفسير آيات و رفع شبهات از قرآن، تاريخ، مبداء و معاد، حلال و حرام، جايگاه كار در زندگي، مرز ميان حق و باطل و تبيين ولايت حضرت علي(ع) را تشكيل مي داد.
در جلد ۴۶ بحار الانوار از امام صادق(ع) نقل شده است كه امام محمد باقر(ع) پس از سفر اجباري به شام به دستور هشام بن عبدالملك در زمان بازگشت در جمع سالانه مسيحيان به طور ناشناس حاضر شد و طي يك مناظره كلامي و عقيدتي به سئوالات آنها پاسخ گفت.
نتيجه ثمربخش اين مناظره طبق نظر بعضي از راويان، اسلام آوردن عالم نصراني و ديريان شام در همان شب و جلب توجه ساكنان شام به امام بود.
به طور خلاصه مي توان گفت كه امام محمد باقر(ع) با اقدامات خود به ظهور رساندن ماهيت علمي تفكر شيعه را دنبال مي كردند و هدف مهم حضرت نشر مفاهيم مكتب از سطح محدود و اشخاص معدود به سطحي وسيع تر بود تا اسلام حقيقي را مجسم سازند.